当襄阳、武昌等地接连失陷和左良玉部作乱的消息相继传来以后，崇祯皇帝决定由吴甡以辅臣的身分前往湖广督师。他在召对廷臣的时候流着泪对吴甡说：“卿多年在匪患猖獗之地任职，有战守韬略，可去湖广为朕督师。”
此前，除了崇祯初年的孙承宗和后来的杨嗣昌以外，督师大臣一般顶多挂兵部尚书衔，很少由内阁大学士直接担任。所以这次任命阁臣督师，可以看出崇祯皇帝是相当郑重的。
但吴甡对于这个任命却十分不情愿。他知道如今天下大势已去，官军很难节制，而“流寇”则根本没有可能剿灭。既然注定了不可能成功，出去督师就等于出去送死，不是死在农民军的手里，就是失败后被皇帝处死，或是像杨嗣昌那样死得不明不白，死后还要留下一世的骂名。
但身为大臣，吴甡又不能不为君王效命，强不可为而为之。他在接受任命后提出：一要有精兵三万由自己亲自统辖；二应先沿运河南下到南京，再相机溯江而上，进可讨贼，退可保卫南都及江南富饶之区。
应该说，吴甡提出这两点要求并不过分。毕竟当时清军还在徐州、大运河地区作战呢，吴甡南下时很可能遇上北返的清军大军。
可是在崇祯皇帝看来，这却是吴甡有意避重就轻，推诿迁延的借口。他在同阁臣们面议此事的时候很不高兴地说：“京畿正在对鞑虏用兵，三万精兵哪能仓促间集中起来？何况南京远在下游。何至于现在就去退守？”
可吴甡却回答说：“左良玉骄横跋扈，当年杨嗣昌督师，连下十道号令，他一兵不发。更有吴世恭卧虎在侧。臣才能不如杨嗣昌，而左良玉目前势力又大于当年。臣手中无兵，不能节制，只会损害朝廷威严。由襄阳顺流而下，极易攻至南京。因而应该兼顾，并非退守。”
而崇祯皇帝对吴甡所说也无法驳斥，只得先让兵部速议发兵，但心中却对这个吴甡极为不满。国事危急，竟然连大臣也不用命了，这让他
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