随后，熊正恩部开始大发神威，将这一地区的民匪，胶州韩继本，高密单之赏、张宇，即墨黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度搭毛、翟五和尚、张广等部先后一一扫灭。
可是在这年五月，又发生了青州之变。一支原属大顺军的部队，在与西撤的大顺军主力失去联络后，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的原明官员杨王休率领下，辗转地来到青州。在五月二十九日晨，以入城拜会为名，乘机夺门而入。
接着，赵应元派步卒上城头摆垛，自己则带着骑兵直入城中的知府衙门。而由大平朝廷任命的青州知府却以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，猝不及防之下被斩杀。
而赵应元的收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。他自己声称：只是要扶立明朝一人。于是他就扶衡王坐殿。而此时的衡王却是已经归顺大平，所以惟恐赵应元拥戴复明将召来杀僧祸。当衡王被拥立之后，他每日只知涕哭，眼肿如桃。标准的扶不起的刘阿斗！
而当熊正恩带兵赶到时，早已降平的原明青州守备李士元献计智取，他同青州城内的官绅暗中互通，进入青州城内充当说客。在游说中，李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投大平朝，并答应赵应元：不诛杀一人，并封给赵应元以爵位。
赵应元果然上当，带了甲士数百名出城同熊正恩等会面。双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。大平军则按李士元等约定的计划。伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。大平军拥入城中，格杀衡王全家并招降余党，青州之变随即平定。
而吴世恭得知此消息后，勃然大怒。他下圣旨，怒斥熊正恩等人。并谕令天下大平诸军：要严格执行《大赦令》。竭力维护大平朝廷的信誉，绝不能再搞什么权宜之计。
之后，吴世恭派人访寻赵应元所遗妾、子
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