组织机构的建立是一切行政的基础。内阁扩大之后，文渊阁本就紧张的办公场所明显不够，朱翊钧将西苑南海的部分宫室进行了扩建、翻修，以宫墙隔之，并题之名为“政事堂”，作为内阁新的办公地点。
原内阁在紫禁城的办公地点文渊阁，就空出来用作内务府的办公地点，内务府下设的侍从室还在养心殿。
如此一改，内阁在空间上也变更了它本来的用途，文武百官都看得清清楚楚：以前的张居正，以“备以顾问”大学士的名头，实际担任着首相的工作。今日搬入政事堂的张太岳，则已经做到了“名实相符”，总理内阁大臣张居正执掌的就是前朝宰相的权柄。
政令在制度上的混一，大大的强化了内阁的权威，让张居正在法理上具有了控制政府的权力。可以说，除了军权、司法权和侍郎以上的人事权由皇帝亲掌，张居正的权柄之重，在历朝历代的宰相中，也排在前列。
与故宋政治制度不同的是，政事堂并非由中书门下省合并而来，也非与六部并列，而是直管变法后的九部。张居正总理政府，并分管礼部、吏部。其下设副相若干，分管其余各部：
吕调阳分管民政部、教育部；王国光分管度支部、驿政部和原工部加户部两部分职能合并而成的农工商部；张四维分管刑部和建设交通部。
六部化为九部，在分散了权力的同时，又将原有的四寺进行了集中：太常寺、鸿胪寺并入礼部；光禄寺并入内务府；太仆寺并入驿政部。
除上述变化外，大理寺、都察院名称没有变化，职能则进一步扩大，且不受内阁管辖，与九部尚书级别并列，受皇帝直辖；
原属于辅臣部门的通政使司取消，职能一分为二，部分划归侍从室，部分划归内阁；翰林院名称、职能不变，受皇帝和内阁共同管辖；国子监归属教育部；宗人府、詹事府名称、职能不变。
在整个改革中，最让朱翊钧头疼的是六科：这个封
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