对于理学被皇帝有意的打压，众多卫道之士生气、发怒，无能狂怒到如丧考妣，耿定向不过是其中的一个代表。在京师百万计的人口中，真正在意的又有几人？
自从朱熹写出“兀然存心乎草木、器用之间，此何学问！如此而望有所得，是炊沙而欲成饭也。”之论后，道学就成为了格物学不共戴天的敌人，尽管他的学说在元明两朝处于官方哲学的地位，朱翊钧也必然要黜之而后快的。
当然，作为后世的干部，朱翊钧对思想领域的工作极端重视。后世中国的道统，一言以蔽之：“马克思主义的中国化”，经典著作都被写入宪法，义务教育也轮番灌输。然而，在思想领域，资产阶级自由化思想仍然倔强生长，个别时候甚至能占领舆论高地，究其本因，不过是经济基础决定而已。
他在南台“尊孔而薄朱”，是深思熟虑之后的决定。尽管帝国从南到北，一只叫做“资本主义”的幼兽正在他的呵护下生长，但在它长出獠牙，用狂野的力量撕碎大明农耕经济和其上层建筑之前，对于已经渗入中国人骨头血脉的“儒教”，即便是皇帝也不敢轻撄其锋。
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但毕竟风还是起了，李贽等人发表的诸多文章不过是大风起于青萍之末，南台会议之后，理学面对的才是真正的狂风骤雨。
众多能够把握住时代脉络的思想者，面对着理学摇摇欲坠的现实，都在仰察天地鸿宇，俯瞰国计民生，思考中国千年未有之变局，欲占领新思想的高地。
“理学‘失其鹿’，天下可共逐之”，就是南台会议在本时空中华思想史、文化史和一切历史中的最大意义。它的召开，是本时空世界史无法绕开的一个时间节点，而在它召开三天前罗马教廷使团的觐见，更是新文明孕育过程中一个妙到毫巅的巧合。
三个传教士在接到京师大学聘书时，欢喜的脑袋都是晕的。范礼安反复追问利玛窦，当日下午跟徐光启谈了什么。利玛窦道：
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