使馆所在地和金陵大学、金陵女子文理学院、金陵神学院、金陵中学、鼓楼医院等教会机构为中心，占地约3.86平方公里。
安全区四面以马路为界，东面以中山路为界，从新街口至山西路（南京）交叉路口；北面从山西路交叉路口向西划线至西康路； 西面从上面提到的北界线向南至汉口路中段（呈拱形）再往东南划直线，直至上海路与汉中路交叉路口；界内分设交通部大厦、华侨招待所、金陵女子文理学院、最高法院、金陵大学等25处难民收容所。
之后15名外籍人士组成的“南京安全区国际委员会”和以美国圣公会牧师梅奇为主席的17人组成的“国际红十字会南京委员会”，负起了救苦救难的重任。
对于这个安全区中国政府是承认的，承诺实现安全区的非军事化，并且提供给国际委员会现金、粮食和警察。但是日本方面拒绝承认安全区，但是表示只要安全区没有中国军队驻扎，日军不会攻击安全区。
但李国耀却知道，所谓的安全区只是这些同情中国人民的外国友人一厢情愿的幻想罢了，日军占领南京后，并未遵守与国际委员会的约定，强行闯入安全区，劫掠财物、奸淫妇女，大肆抓捕青壮年并予杀害。
国际委员会就此事多次向日本使馆及日军当局提出抗议，要求按国际惯例对安全区予以保护，但是日军暴行并未收敛。
人们以为安全区是神灵庇佑的天国，其实在日军攻破南京城的那一刻起，真正的安全区已经不安全了。
因为很多溃兵为了逃命，将枪支、弹药、军衣、绑腿带和其他的军用品都扔在马路上，然后躲进安全区。而这则是被日军认为是在包庇中国军队，因此在攻破城门之后，气势汹汹的日军闯进安全区，将躲入收容所的上千个中国兵抓走，随后押向刑场。
所以这个时候南京城里已经没有什么真正意义上的安全区了，因此只要有条件，李国耀必须将城里所有无家可归的难民
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