锦衣卫的权限可以说集合了刑部，大理寺和都察院的权限，有自己的诏狱，也有侦察、逮捕、审问等权利。他们直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。无论你是身居高位的宰相，还是血统纯正的藩王，只要是被锦衣卫盯上了，他们有各种办法让你家破人亡，实在是厉害之极。
明初之时，朱元璋的丞相胡惟庸一时权倾朝野，令朱元璋十分忌惮。而拔掉这颗钉子的使命就落在了第一任锦衣卫指挥使毛骧的身上，而毛骧这个锦衣卫指挥使也是十分的铁血，彻查胡惟庸案，波及数万人，影响十分大。不过很不幸，毛骧在办完胡惟庸的案子后，朱元璋为了平息众怒，杀了他。而作为毛骧的继任，锦衣卫第二任指挥使蒋献也是干了一个惊天动地的大案，那就是办了蓝玉。可惜此人也是步了其上任的后尘，蓝玉案后，被朱元璋处死了。
锦衣卫指挥使下辖北镇抚司及南镇抚司，南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士，锦衣卫通常的制式为1000左右，鼎盛时多达6万之众，实在是可怖至极。在整个明朝历史上，锦衣卫都是朝廷大臣忌惮的对象，生怕一句话说错，就会被关进锦衣卫的诏狱，保管有进无出。
锦衣卫可以说是皇帝的御用杀人利器，这个机构的诞生本身就有光环加冕。从某种程度上代表皇帝办案，权利就可见一斑了，再加上锦衣卫这个机构内部就有一套完整的司法体系，情报体系，简直就是逆天了。
正是因为锦衣卫的权力太大，成为一些人手中的忌惮之物，自然也就成为了一些人眼中的得饽饽。王振在世时，就曾将手伸入到锦衣卫中，让其替自己办了不少的私事。也因此，使得这个机构变得不纯粹起来，大家都想往这里安排人手，也使得它远没有明初时那么厉害了
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