()被遣送回爪哇岛上的几批人里，有些人在船上就已经有了发烧、咳嗽等症状，不过这些很常见的现象都被周围的人视为了普通疾病，并没有重视起来。而等到他们返回原来的居住地之后，这种症状就逐渐加重了，并且发病的人数也开始增加。
很快，在3天之后，就有第一个人因为咳血引起休克，并死亡。接着，每天都有人在剧烈的咳嗽声中死去，而且死后身体的皮肤变成了紫黑se，这就是典型的肺鼠疫，欧洲人称黑死病。
由于爪哇岛上的医疗条件很差，再加上人口密集，气候炎热，很适合肺鼠疫的传播，于是，与这些被遣返人员有过接触的人很多都感染了病菌，并且随着他们的流动再向更多的人传播。
到了7月底，爪哇岛东部的巴达维亚、万隆、勿加泗等地区都出现了全身淋巴肿大、化脓、溃烂致死的病人；而巴厘岛、马拉都岛、泗水等西部地区则出现了高烧、咳嗽、休克致死的病人，而且死后身体皮肤呈紫黑se；在爪哇岛的中部地区，三宝垄、克拉登等地，也出现了很多突然死亡的人，不过他们大多是高烧、寒颤，然后皮肤出血，随后就是死亡。
这些死者虽然死因和症状都不太一样，但是都有一个共同点，那就是都是偷渡被遣返的人员，不过由于爪哇被封锁的时候，很多人都试图用偷渡的方法离开爪哇岛，所以这个特点并没有引起身边的人注意。
由于发病非常快，一般都在1—4天就会死亡，所以，当地的荷兰人也没有什么好办法，只能让当地人按照疑似蓝教的传统，把尸体火化了事，而这个无心之举，也恰恰部分阻止了疾病的传染速度。
到了8月初，爪哇岛上的疾病爆发速度突然增加，大批的感染者在各地出现，而原来的各种症状也都随着各地带病者的交叉感染而逐渐均匀分布了。当一位荷兰医生看到一具死后身体皮肤呈黑se的尸体之后，大惊失se，他立刻通知了巴达维亚的荷兰东印度zheng
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