除了这4支舰队，联邦海军还有3个重要部门，后勤部、训练部和情报部，前两个部门分别掌管着联邦海军的装备、补给、医疗、船只修理、改装和后备海军军官、水兵、飞行员、地勤等人员的招收和培训工作，总部位于安中省岘港。而情报部则和联邦空军的情报部一起掌管着联邦境内的所有海岸雷达站，负责监控联邦海岸线和近海的船只和飞行物。
另外，刘芾还为联邦海军增加了一个新兵种，那就是海军陆战队。其实这个兵种还欧美各国早就存在了，主要是为了配合海军舰艇，做一些突袭或者登陆占领的任务，以前，在南海联邦中，这些任务都是由陆军担任的，现在，刘芾决定也给联邦海军配上这个兵种，人数到不用太多，1个师，27000人左右，番号为联邦海军陆战一师。
到1923年，联邦海军的作战舰艇总吨位将达到65万吨，除了英国和美国之外，联邦海军的舰船吨位数将排在第三位。
除了一支大海军，南海联邦还正在拥有一支大空军，自从1906年联邦空军成立至今，作战飞机已经更换了2代，人数也由当初的2000多人增加到了50000人，下辖4个空军基地、11个正式军用机场，3家飞机制造公司，同样，国防部为了方便调配和明确任务，把联邦空军也划分成了3个主要司令部，分驻在不同的区域。
北方空军司令部。驻地为安中省顺化空军基地，下辖3个飞行联队，飞机总数80架左右，其中作战飞机60架，多数为隼式战斗机、侦察机和鹰式对地攻击机，其余为鹅式运输机。北方空军司令部的控制范围为泰国、缅甸边境地区以及北部湾、泰国湾等海域，主要防御方向是联邦与泰国、缅甸的陆地边境，作战对象是英国和印度军队，主要任务是利用安北、安中和安南三省内的多处军用机场，对控制范围内的目标进行日常巡逻、敌情监控、作战训练。
西方空军司令部。驻地为苏门答腊岛上的巨港空军基地。下
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